Świątynia została zbudowana przez gminę ewangelicką w 1923 r. z materiałów pozyskanych z rozbiórki budynku prochowni na Karłowicach we Wrocławiu. Po wojnie mieszkańcy Żernik zabezpieczyli opuszczony zbór i zbudowali prowizoryczny ołtarz. Parafię Najświętszego Serca Pana Jezusa erygował abp Bolesław Kominek w 1958 r. W 2003 r. proboszczem został ks. prał. Tadeusz Rusnak. Ze względu na stale powiększającą się liczbę parafian podjął decyzję o wybudowaniu nowego kościoła NMP Pompejańskiej, który poświęcony został przez abp. Józefa Kupnego 8 października 2022 r. W tym samym roku ks. Rusnak rozpoczął gruntowny remont zabytkowego kościoła parafialnego, który właśnie został zakończony.

Podczas uroczystości metropolita wrocławski mówił o tajemnicy Trójcy Świętej, która jest dla nas całkowicie niedostępna. – Nic dziwnego, bo i nasza wewnętrzna tajemnica człowieczeństwa też jest dla drugiego człowieka niedostępna. I nie tylko wtedy, kiedy nie chcemy drugiej osobie siebie pokazać, ale również wtedy, kiedy bardzo tego pragniemy – mówił abp Kupny i tłumaczył: – Jeśli tak jest między ludźmi, to tym bardziej dzieje się tak między nami a Panem Bogiem, od którego dzieli nas wymiar nieskończoności. Dlatego z najgłębszą czcią zostawiamy tę tajemnicę Jemu samemu i skupiamy się na tym, co nam wiedzieć o sobie pozwoli.

Ksiądz arcybiskup podkreślił, że powinniśmy pogłębić świadomość, że nasze istnienie wiąże się z Trójcą Przenajświętszą. – W łonie Trójcy Świętej zrodziła się bowiem myśl o powołaniu do życia człowieka. „Uczyńmy człowieka na obraz i podobieństwo nasze”. Ta liczba mnoga, użyta w zdaniu z Księgi Rodzaju, jest dla nas wymowna. Pan Bóg mówi do siebie i o sobie. Te słowa wskazują, gdzie znajduje się prawzór, według którego człowiek został ukształtowany – podkreślał abp Kupny i mówił o mieszkaniu, które mamy w niebie. Nawiązał następnie do parafialnej świątyni. – To dom Boży wzniesiony przez ludzi. Ale dla nas i dla Jezusa, który jest tu obecny pod osłoną chleba, ten dom jest równie ważny. Jest znakiem i zapowiedzią tej bliskości, jakiej doświadczymy ogarnięci miłością Bożą w życiu przyszłym (...) Za to szlachetne dzieło bardzo Wam dziękuję. Dziękuję niezmordowanemu księdzu proboszczowi, ofiarodawcom, wykonawcom i wszystkim, którzy te prace omadlali. Niech ta świątynia, w której wszystko daje świadectwo wiary, nadziei i miłości wiernych, służy spotkaniu z tajemnicą Trójcy Świętej i przypomina o mieszkaniu przygotowanym dla nas w niebie – zakończył pasterz Kościoła wrocławskiego.