Zachowane do dziś źródła zgodnie podają, że był on chrześcijaninem żyjącym podczas prześladowań w czasach cesarza Dioklecjana. Ten wysoki urzędnik rzymski, a według większości źródeł oficer wojsk cesarskich, był dowódcą w naddunajskiej prowincji Norikum. Kiedy rozpoczęło się prześladowanie chrześcijan, udał się do swoich braci w wierze, aby ich pokrzepić i wspomóc. Kiedy dowiedział się o tym Akwilinus, wierny urzędnik Dioklecjana, nakazał aresztowanie Floriana. Nakazano mu wtedy, aby zapalił kadzidło przed bóstwem pogańskim. Kiedy odmówił, groźbami i obietnicami próbowano zmienić jego decyzję. Florian nie zaparł się wiary. Wówczas ubiczowano go, szarpano jego ciało żelaznymi hakami, a następnie umieszczono mu kamień u szyi i zatopiono w rzece Enns. Za jego przykładem śmierć miało ponieść 40 innych chrześcijan.
Ciało męczennika Floriana odnalazła pobożna Waleria i ze czcią pochowała. Według tradycji miał się on jej ukazać we śnie i wskazać gdzie, strzeżone przez orła, spoczywały jego zwłoki. Z czasem w miejscu pochówku powstała kaplica, potem kościół i klasztor najpierw benedyktynów, a potem kanoników laterańskich. Sama zaś miejscowość - położona na terenie dzisiejszej górnej Austrii - otrzymała nazwę St. Florian i stała się jednym z ważniejszych ośrodków życia religijnego. Z czasem relikwie zabrano do Rzymu, by za jego pośrednictwem wyjednać Wiecznemu Miastu pokój w czasach ciągłych napadów Greków.
Do Polski relikwie św. Floriana sprowadził w 1184 książę Kazimierz Sprawiedliwy, syn Bolesława Krzywoustego. Najwybitniejszy polski historyk ks. Jan Długosz, zanotował: „Papież Lucjusz III chcąc się przychylić do ciągłych próśb monarchy polskiego Kazimierza, postanawia dać rzeczonemu księciu i katedrze krakowskiej ciało niezwykłego męczennika św. Floriana. Na większą cześć zarówno świętego, jak i Polaków, posłał kości świętego ciała księciu polskiemu Kazimierzowi i katedrze krakowskiej przez biskupa Modeny Idziego. Ten, przybywszy ze świętymi szczątkami do Krakowa dwudziestego siódmego października, został przyjęty z wielkimi honorami, wśród oznak powszechnej radości i wesela przez księcia Kazimierza, biskupa krakowskiego Gedko, wszystkie bez wyjątku stany i klasztory, które wyszły naprzeciw niego siedem mil. Wszyscy cieszyli się, że Polakom, za zmiłowaniem Bożym, przybył nowy orędownik i opiekun i że katedra krakowska nabrała nowego blasku przez złożenie w niej ciała sławnego męczennika. Tam też złożono wniesione w tłumnej procesji ludu rzeczone ciało, a przez ten zaszczytny depozyt rozeszła się daleko i szeroko jego chwała. Na cześć św. Męczennika biskup krakowski Gedko zbudował poza murami Krakowa, z wielkim nakładem kosztów, kościół kunsztownej roboty, który dzięki łaskawości Bożej przetrwał dotąd. Biskupa zaś Modeny Idziego, obdarowanego hojnie przez księcia Kazimierza i biskupa krakowskiego Gedko, odprawiono do Rzymu. Od tego czasu zaczęli Polacy, zarówno rycerze, jak i mieszczanie i wieśniacy, na cześć i pamiątkę św. Floriana nadawać na chrzcie to imię”.
W delegacji odbierającej relikwie znajdował się bł. Wincenty Kadłubek, późniejszy biskup krakowski, a następnie mnich cysterski.
Relikwie trafiły do katedry na Wawelu; cześć z nich zachowano dla wspomnianego kościoła „poza murami Krakowa”, czyli dla wzniesionej w 1185 r. świątyni na Kleparzu, obecnej bazyliki mniejszej, w której w l. 1949-1951 jako wikariusz służył posługą kapłańską obecny Ojciec Święty.
W 1436 r. św. Florian został ogłoszony przez kard. Zbigniewa Oleśnickiego współpatronem Królestwa Polskiego (obok świętych Wojciecha, Stanisława i Wacława) oraz patronem katedry i diecezji krakowskiej (wraz ze św. Stanisławem). W XVI w. wprowadzono w Krakowie 4 maja, w dniu wspomnienia św. Floriana, doroczną procesję z kolegiaty na Kleparzu do katedry wawelskiej. Natomiast w poniedziałki każdego tygodnia, na Wawelu wystawiano relikwie Świętego. Jego kult wzmógł się po 1528 r., kiedy to wielki pożar strawił Kleparz. Ocalał wtedy jedynie kościół św. Floriana. To właśnie odtąd zaczęto czcić św. Floriana jako patrona od pożogi ognia i opiekuna strażaków. Z biegiem lat zaczęli go czcić nie tylko strażacy, ale wszyscy mający kontakt z ogniem: hutnicy, metalowcy, kominiarze, piekarze. Za swojego patrona obrali go nie tylko mieszkańcy Krakowa, ale także Chorzowa (od 1993 r.).
Ojciec Święty z okazji 800-lecia bliskiej mu parafii na Kleparzu pisał: „Święty Florian stał się dla nas wymownym znakiem (...) szczególnej więzi Kościoła i narodu polskiego z Namiestnikiem Chrystusa i stolicą chrześcijaństwa. (...) Ten, który poniósł męczeństwo, gdy spieszył ze swoim świadectwem wiary, pomocą i pociechą prześladowanym chrześcijanom w Lauriacum, stał się zwycięzcą i obrońcą w wielorakich niebezpieczeństwach, jakie zagrażają materialnemu i duchowemu dobru człowieka. Trzeba także podkreślić, że święty Florian jest od wieków czczony w Polsce i poza nią jako patron strażaków, a więc tych, którzy wierni przykazaniu miłości i chrześcijańskiej tradycji, niosą pomoc bliźniemu w obliczu zagrożenia klęskami żywiołowymi”.